Základnú štruktúru MIS tvoria podsystémy (moduly). Modulárnosť je jedným zo základných atribútov MIS (pozri vyššie).
Štruktúra manažérskeho informačného systému pre podnik závisí od charakteru činností, ktorými sa firma zaoberá. Táto štruktúra často korešponduje s funkčnou štruktúrou podniku, teda s jednotlivými funkčnými oblasťami podniku (napr. u systému SAP R/3). Sú to:
? ÚČTOVNÍCTVO
? LOGISTIKA
? PERSONALISTIKA
? …
Napr. manažérsky informačný systém od slovenskej firmy Aurus tvoria tieto moduly (podystémy):
• SPRÁVCA
• ÚČTOVNÍCTVO
• FAKTURÁCIA
• POKLADŇA
• ZÁSOBY
• PERSONALISTIKA
• VÝROBA
• E-COMMERCE
• INVESTIČNÝ MAJETOK
• MZDY
• EXPEDÍCIA
• ODBYT
• BANKA
• DANE
• UTILITY
K základným modulom MIS je možné pridať rozširujúce moduly, ako sú napr.:
• RISK MANAGEMENT (obsahuje nástroje na riadenie rizika rôzneho druhu – napr. kurzového rizika, úverového rizika, a pod.)
• CONTROLLING (kalkulácia produktov, klientov, nákladov a výnosov pre jednotlivé kalkulačné objekty, atď)
Jednotlivé moduly MIS majú spravidla jednotný dizajn, jednotné ovládanie a previazanosť údajov tak, že každý sa zadáva maximálne raz.